KUSANAGIに接続する方法として、SSH接続があります。
さくらのVPSでKUSANAGIに接続（SSH接続）をする方法
ただ、セキュリティを担保する場合は、さくらのVPSのシリアルコンソールで接続することをお勧めします。
【さくらインターネット】さくらのVPSでKUSANAGIにセキュリティを担保して接続（SSH接続）をする方法
１、さくらのVPSの管理画面より、コンソールからシリアルコンソールを選択します。
２、コンソールが起動するので、これでコマンド等で操作します。
※通常はこれで問題ありませんが、別のIPからはアクセスさせないように、
/etc/hosts.deny
sshd : all
/etc/hosts.allow
sshd : さくらのVPSのIPアドレス
を入力することで、セキュリティの確保が可能です。